Митрополит Макарий, выдающийся человек своего века, уважаемый молодым царём, ушёл из жизни на исходе 1563 года. Его преемник Афанасий не одобрял появившуюся при нём опричнину и опричные казни, но не стал перечить царю, а через два года отпросился в отставку. Царь пытался было передать митрополичий престол Казанскому архиепископу Герману Полеву, но тот немедленно выступил против опричнины, к тому же напомнив царю о карах небесных. Терпеть вмешательство церкви в свои дела царь не собирался, Германа Полева с митрополичьего двора немедленно выдворили.
   Но и следующий кандидат, выходец из приближенного царём рода бояр Колычёвых, игумен Соловецкого монастыря Филипп, начал с того же. Условием принятия высшей церковной должности он поставил "оставление" опричнины царём Иваном. Условие царь отверг, но уступку сделал: разрешил Филиппу "советовать", как прежние митрополиты "советовались с его отцом и дедом". Филипп решил использовать шанс и в июле 1566 года вступил на митрополичий престол.
   В первое время новый митрополит пытался увещевать царя наедине, но тот не внял. Опричные расправы ширились, и 22 марта 1568 года во время богослужения в Успенском соборе Кремля Филипп выступил с принародным осуждением опричнины и даже самого Ивана IV. Отказав царю в благословении, митрополит громогласно убеждал его прекратить "многолетное свое к миру негодование", а под конец пригрозил: «Аще, государь, не велиши престати от сея крови и обиды, взыщет сего Господь от руки твоее».
   Ещё до этого митрополит пытался объединить высшее духовенство, чтобы выступить против опричнины единым фронтом. Попытка провалилась: едва до царя дошли эти сведения, архиепископы (кроме убитого в недолгом времени Германа Полева) открестились от политики. Едва ли теперь Филипп сомневался, чем закончится демонстративный разрыв с царём. Беззаконных убийств было совершено уже немало, однако на сей раз Грозный по какой-то причине захотел соблюсти процедуру. Это удалось без труда. Несколько надёжных архиереев были отправлены в Соловецкий монастырь для сбора свидетельств о недостойной жизни Филиппа. Свидетельства были собраны: человек, два года назад вполне годившийся в митрополиты, теперь оказался достоин смертной казни. Впрочем, его не казнили; после низложения церковным собором 4 ноября 1568 года Филиппа сослали в Тверской Отрочь монастырь. Новый митрополит Кирилл царю не прекословил.
   Филипп Колычёв "умер" во время посещения его Малютой Скуратовым в декабре 1569 года, во время похода Ивана IV для разгрома Новгорода.

Митрополит Филипп и Малюта Скуратов
Николай Неврев, 1898

   Согласно преданию, Малюта вошел в келью и, смиренно кланяясь, сказал: "Владыко святый, подай благословение Царю идти в Новгород". Филипп отвечал Малюте: "делай то, зачем ты пришел, а не кощунствуй". И обратясь к иконе, начал молиться. Скуратов схватил подушку и задушил отставного митрополита. Монастырским властям он сообщил, что Филипп умер по их небрежности "от неуставного зною келейного".